在高新技术企业认守时，企业往往会托付税务师事务所对企业近3个会计年度的研讨开发费用（实践年限缺乏3年的按实践运营年限核算）以及近1个会计年度的高新技术产品（服务）收入出具专项鉴证陈述。在年度汇算清缴时，不少企业以为高新确认的研讨开发费用是经税务师事务所鉴证确认的，能够直接将判定陈述中对应年度的研讨开发费用作为基数，享用加计扣除的税收优惠。
其实，在企业研讨开发费用归集上，高新认守时是依据科技部、财务部、国家税务总局发布的《高新技术企业确认管理工作指引》（国科发火[2008]362号，以下简称《指引》）进行的，而确认企业能够享用加计扣除优惠，依据的是国家税务总局《企业研讨开发费用税前扣除管理方法（试行）》（国税发[2008]116号，以下简称《方法》），两者的适用状况并不相同，不能相提并论。《方法》规则的可加计扣除的研讨开发费用，其口径要小于依照《指引》要求归集的研讨开发费用。因而，高新技术企业进行研讨开发费用加计扣除有必要慎重，必定要严厉依照《方法》的规则进行研讨开发费加计扣除，不然会存在较大的税务危险。
2008年，仍有不少老高新技术企业未能及时学习有关高新技术企业的最新税收政策规则，在年度汇算清缴时，仍按15%的税率进行了交税申报。也有不少交税人以为能够享用过渡期税收优惠。
实践上，依照《国家税务总局关于施行高新技术企业所得税优惠有关问题的告诉》（国税函[2009]203号）的规则，原依法享用企业所得税定时减免税优惠没有期满的高新技术企业，依照新标准获得高新技术企业资历证书之后，能够在2008年1月1日后在未到期的时间段内享用过渡期优惠政策。
因而，老高新技术企业要想享用15%的优惠税率，或享用过渡期优惠政策，有必要按高新技术企业的心要求进行从头请求确认，并向主管税务机关存案，而不能直接自行享用税收优惠。
不少高新技术企业依据《国务院关于施行企业所得税过渡优惠政策的告诉》（国发[2007]39号）和《财务部、国家税务总局关于履行企业所得税优惠政策若干问题的告诉》（财税[2009]69号）的规则，以为高新技术企业优惠政策不得叠加享用。享用高新技术企业15%的优惠税率后，不论什么状况，都不得享用其他定时减免税和减低税率类的税收优惠。
其实，这是对上述两个文件的误读。两个文件规则企业享用优惠政策时“不得叠加享用，且一经挑选，不得改动”的规则，是限于企业所得税过渡优惠政策与《企业所得税法》及其施行法令中规则的定时减免税和减低税率类的税收优惠。而《企业所得税法》及其施行法令中规则的其他各项税收优惠，凡企业契合规则条件的，能够一起享用。
例如，2007年末前建立的软件出产企业和集成电路出产企业，经确认获得高新技术企业资历后，就能够享用高新技术企业的税收优惠。一起依照《财务部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的告诉》（财税[2008]1号）的规则，还能够享用企业所得税定时减免税优惠政策。该文件清晰，依据新《企业所得税法》的规则，我国境内新办软件出产企业经确认后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年折半征收企业所得税。这种状况下，软件出产企业“两免三折半”的优惠也应该是新《企业所得税法》下的优惠。
69号文件第二条第二款规则：“企业所得税法及其施行法令中规则的各项税收优惠，凡企业契合规则条件的，能够一起享用”。也就是说，上述软件出产企业和集成电路出产企业，能够一起享用高新技术企业税收优惠和企业所得税“两免三折半”的优惠。
因为高新技术企业遭到国家有关部门和各级政府的大力支持，各种名字的补助往往比较多。例如，各种税收返还、财务奖赏、技术创新奖赏、专项研制项目补助等。但许多企业汇算清算时往往不区别各项补助的收入性质，误把应税收入以为是不交税收入或免税收入，把不交税收以为是免税收入。
不交税收入是我国新《企业所得税法》中新创设的一个概念，是指从企业所得税原理上讲应永久不列入交税收入的领域。依据规则，不交税收入用于开销所构成的费用，不得在核算应交税所得额时扣除；用于开销所构成的财物，其核算的折旧、摊销不得在核算应交税所得额时扣除。
免税收入是一种税式开销，其自身已构成应税收入，但依据税收优惠政策而予以革除。它是国家依据经济政策方针的需求，在一守时间内免予交税，而在一守时期又或许康复交税的收入，其开销答应税前列支。依据新《企业所得税法》第二十六条规则，免税收入分为以下四类：国债利息收入，契合条件的居民企业之间的股息、盈利等权益性投资收益，在我国境内建立安排、场所的非居民企业从居民企业获得与该安排、场所有实践联络的股息、盈利等权益性投资收益，契合条件的非营利安排的收入等。
因而，各项补助收入性质确认是否正确，影响着应税收入、税前扣除项目、应交税所得等的核算，终究影响应交税额的正确与否，值得高新技术企业高度重视。此外，与研讨开发活动相关的补助，享用加计扣除时也要除掉，这也值得重视。